Balai Besar Kesehatan Paru Masyarakat ( BBKPM ) Makassar dahulunya bernama Balai Pengobatan Penyakit Paru-Paru Makassar yang didirikan pertama kali pada tanggal 27 Juni 1959 bertempat di Jl. HOS. Ttjokroaminoto dan diresmikan tanggal 30 April 1960 oleh Gubernur Sulawesi , A. Pangerang Dg. Rani. Pada waktu itu dikepalai oleh Dr. Med. RN. Tyagi, berkebangsaan India, dan dbantu secara sukarela oleh Dr. Med. WJ. Meyer,dokter berkebangsaan Jerman (1965-1995).
Dengan adanya pengembangan kota, maka Gedung BP.4 dipindahkan ke daerah pengembangan di Jl. A.P. Pettarani No. 43 dan diresmikan oleh Menteri Kesehatan pada tanggal 13 Nopember 1993. Sejak pertama kali didirikan, BBKPM Makassar telah  beberapa kali mengalami pergantian pimpinan. Saat ini BBKPM Makassar dikepalai oleh dr. Syamsuridzal Bali, MBA terhitung sejak tanggal 10 Desember 2015.

Perubahan nama BP.4 menjadi Balai Besar Kesehatan Paru Masyarakat ( Balai Besar KPM ) Makassar – Sulawesi Selatan dimulai sejak tanggal 14 September 2005 berdasarkan Permenkes RI No.1352/Menkes/PER/IX/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Kesehatan Paru Masyarakat.